Dans son préambule et l’article 2, paragraphe 3, la Constitution de 1995 de la Fédération de Bosnie Herzégovine institue le droit à la liberté religieuse, qui est généralement respecté. Cependant, en pratique et très fréquemment dans des régions à mixité ethnique, il existe des cas graves de discrimination à l’encontre de certains groupes. Musulmans, catholiques et orthodoxes serbes rapportent tous de nombreux cas d’agression et d’intolérance religieuse.
Dans le contexte des regroupements religieux traditionnels, le nombre des pratiquants est relativement faible, mais il y a des religions où la pratique de la religion est plus intense, par exemple dans les communautés catholiques croates, dans leurs enclaves ethniques particulières de Bosnie Herzégovine.
Les catholiques de Bosnie sont une minorité ; ils sont dans la difficile position de devoir se battre pour survivre, dans un environnement de plus en plus dirigé par l’islam, par exemple dans la Fédération islamo-croate, ou bien où ils ne sont pas les bienvenus, par exemple en République serbe.
Par-dessus tout, pour beaucoup de musulmans en Bosnie, la religion est en même temps la marque de leur identité ethnique, même si leur pratique religieuse ne se limite qu’à une visite occasionnelle à la mosquée, ou à quelques occasions importantes (naissances, mariages et décès). Huit muftis desservent le pays, basés dans les plus grandes villes telles que Sarajevo, Tuzla, Mostar et Banja Luka.
Au cours de l’année 2006, le Parlement a été incapable d’arriver à un accord sur le projet de loi établissant les congés publics (religieux et nationaux). Les autorités locales reconnaissent d’habitude comme congés publics, les jours considérés comme tels par les membres de la communauté religieuse la plus nombreuse du lieu.
La loi sur la liberté religieuse détermine des autorisations pour les groupes religieux et établit le droit à la liberté religieuse et de conscience en Bosnie.
Selon la législation courante, tout groupe d’au moins trois cents adultes peut bâtir une nouvelle Eglise ou constituer une communauté religieuse, en présentant une demande écrite au Ministère de la Justice, qui doit prendre une décision à son sujet dans les trente jours suivant sa réception. En cas de rejet de la demande, on peut faire appel auprès du Conseil des Ministres.
La pression séparatiste est souvent entretenue par des éléments religieux : par exemple, en juin 2007, l’évêque serbe-orthodoxe de Trebinje, Mgr Grigorije, a demandé l’organisation d’un référendum en vue de rechercher l’indépendance de la République Srpska - entité serbe à l’intérieur de la Bosnie-Herzégovine - de l’Etat bosniaque.
En 2006, les autorités locales se sont résolues à trouver divers moyens de transférer et de promouvoir l’aide financière aux principales communautés religieuses, lesquelles ont tendance à recevoir leurs fonds dans les régions où leurs membres sont les plus nombreux.
Les parents ont le droit d’inscrire leurs enfants dans des écoles privées pour raisons religieuses. De nombreuses villes et cités ont des écoles confessionnelles, soit islamiques, catholiques ou serbe-orthodoxes.
Mais les écoles européennes de l’Eglise catholique ont pour but de construire la réconciliation et la tolérance entre les groupes nationaux et les religions en Bosnie.
Les quatre communautés religieuses les plus importantes du pays ont, depuis quelque temps, demandé la restitution - ou des compensations - pour les biens qu’elles possédaient et qui avaient été saisies ou nationalisées par le régime communiste. La Commission d’Etat pour la restitution travaille en ce moment à la promulgation d’une loi nationale et unitaire sur ce sujet. Pour le moment, en l’absence d’une telle loi, les décisions concernent les diverses autorités locales.
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