Ces organismes, tout en étant dans la mouvance de l'Église catholique romaine, ont une pleine indépendance.

La Custodie a été fondée en 1342 mais en fait, l'ordre franciscain était présent en Terre Sainte depuis son origine vers 1220. Avec le Chapitre général, de 1217, qui partagea l’Ordre en Provinces, naquit également la Province de Terre Sainte ; elle s’étendait à toutes les régions qui gravitent autour du bassin sud oriental de la Méditerranée, de l’Égypte jusqu’à la Grèce et au-delà.

La Province de Terre Sainte comprenait naturellement le pays natal du Christ, avec tous les lieux où se réalisa le Mystère de notre Rédemption. Pour cette raison, la Province de Terre Sainte fut considérée comme la perle de toutes les Provinces et aussi, quant aux autres fondations missionnaires de l’Ordre franciscain à travers le monde, comme la perle de toutes les Missions.

Elle fut visitée par saint François lui-même qui, entre ses passages en Égypte, en Syrie et en Palestine, y séjourna durant plusieurs mois entre 1219 et 1220. C’est à cette période qu’eut lieu la célèbre rencontre du "Poverello" avec le Sultan Melek el-Kamel.

Saint François fut le premier à utiliser l’arme du dialogue et de l’amour au temps des croisades. Sa première règle Non volata (1221), dit : « Les frères qui se rendent en Terre Sainte ne doivent ni entrer en conflit, ni faire l’objet de disputes ; qu’ils soient au service de tous, et manifestent à travers leur vie qu’ils sont chrétiens ». Si ensuite l’Esprit les illumine, ils prêcheront. Ce comportement leur conféra la libre circulation sur les territoires des mamelouks.

La présence constante des franciscains en Terre Sainte et leurs efforts pour maintenir et restaurer les Lieux Saints et y promouvoir les valeurs chrétiennes par un service social d’assistance et de formation. La présence franciscaine a été déterminante pour le développement de l’Église locale, jusqu’à rendre possible la restauration du Patriarcat Latin à Jérusalem en 1847.

L'Œuvre d'Orient est une association créée en en 1856, à l'initiative d'un groupe de laïcs français afin de venir en aide aux enfants du Liban. Son premier directeur général fut le futur cardinal Lavigerie.

Reconnue Œuvre d’Église en 1858 par le pape Pie IX, cette association loi 1901, est actuellement sous la protection de l'archevêque de Paris. L’Œuvre d’Orient a son siège social à Paris.

Elle se préoccupe d'œuvrer pour les Catholiques romains du Proche-Orient et des Églises orientales où qu'elles se trouvent. Cette association agit pour aider quelque 21 pays à construire des hôpitaux, des écoles, et promeut des actions d'évangélisation, en particulier par des initiatives de catéchèse. Sa devise est : « Les chrétiens de France au service des chrétiens d'Orient", avec l'aide d'une soixantaine de congrégations ou institutions chrétiennes.

Au Moyen-Orient : Iran, Irak, Jordanie, Liban, Syrie, Terre Sainte (Israël et Palestine), Turquie. En Afrique : Djibouti, Egypte, Erythrée, Ethiopie, Soudan. En Europe orientale : Arménie, Bulgarie, Chypre, Géorgie, Macédoine, Roumanie, Ukraine. En Inde (Kerala et Tamil Nadu).

L'Ecole biblique de Jerusalem, institution de droit français, occupe toujours, plus d'un siècle après sa fondation, l'avant-garde mondiale de l'exégèse biblique et de l'archéologie de la Palestine antique.

Fondée en 1890, par le Père dominicain Marie-Joseph Lagrange, l'école a aussitôt entrepris de reconnaître le pays de Jésus, en conciliant, autant que possible, la foi et la science. Ce qui ne fut pas sans difficultés devant certaines instances romaines qui en restaient à une approche rigide et traditionnaliste de l'approche des textes bibliques. Malgré plusieurs "condamnations", la sainteté, l'opiniâtreté et la patience du P. Lagrange firent admettre ces démarches d'avenir pour la compréhension des textes bibliques. Rome envisage de lui reconnaître cette sainteté par une prochaine béatification.

Dès 1892, fut éditée la Revue biblique qui paraît toujours, à l'usage du public universitaire ou érudit. Au début du XXème siècle, un premier Dictionnaire de la Bible offre au public cultivé la première et la plus vaste somme raisonnée sur le savoir biblique. En fait la majeure partie de l'exégèse biblique vient des recherces de l'École biblique.

Comme la Bible de Jérusalem, ce grand oeuvre de la « maison «. fait toujours référence.

Forte d'une bonne intégration au milieu arabe, l'institution qui a obtenu, en 1920. le statut officiel d'Ecole archéologique française de Jérusalem, a ainsi pu recueillir l'essentiel des "Documents de la mer Morte," (Qumram) déterrés, en 1942. par un berger bédouin palestinien.